Михаил Мутафов е роден на 4 юли 1947 в Харманли.
Известен е с едрата си фигура, характерно мъжко обаятелно излъчване, дори в напреднала възраст. В последните десет години е предпочитан актьор на режисьора Явор Гърдев.
През 1972 г. завършва ВИТИЗ „Кръстьо Сарафов“ в класа на проф. Желчо Мандаджиев.
Между 1972 и 1975 г. играе в Димитровградския театър „Апостол Карамитев“, където се изявява с роли в пиеси като „Коварство и любов“ на Фридрих Шилер, „Службогонци“ на Иван Вазов, „Трамвай желание“ на Тенеси Уилямс.
От 1975 г. е в трупата на Варненския театър „Стоян Бъчваров“. Изиграва множество роли в пиеси като „Полет над кукувиче гнездо“ на Дейли Васерман, „Процесът против богомилите“ на Стефан Цанев, „Ревизор“ на Николай Гогол.
Също така Мутафов гастролира и в театрите в Хасково, и в София (Театър 199). Участва с роли в над 20 филма.
Михаил Мутафов е двукратен носител на наградата Аскеер:
през 2002 г. за поддържаща мъжка роля („Хотел между тоя и оня свят“, от Ерик-Емануел Шмит, постановка: Николай Ламбрев)
през 2003 г. за главна мъжка роля („Марат/Сад“, от Петер Вайс, постановка: Явор Гърдев).